Yahoo!やGoogle等の、検索エンジンの検索結果のページを、表示順の上位に自らのWebサイトが表示されるように工夫することSEOと呼びますガ、実質的に フラッシュコンテンツは検索エンジンが読み込めないといった難点があります。
ですのでフラッシュコンテンツは、SEOの観点からは、まだまだ適切とはいえないのが実情です。
せっかく苦労してフラッシュコンテンツをサイトに挿入しても、サイトが検索エンジンの下位になってしまい、結局は人目に触れにくくなるといった問題が起こってしまう場合があるので注意が必要です。
ではどうすればいいのかというと、ページの一部でフラッシュコンテンツを挿入する場合は、フラッシュ非対応ブラウザを想定したHTMLによる同等コンテンツを用意しておくといった方法をとることなどで対応することが考えられます。
しかしページ全体でフラッシュを使用するのは、SEOの観点からは大きくマイナスになってしまうので避けることがベターと言えそうです。